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在上海注册公司但在外地经营，办理营业执照的具体流程可能因不同地区而有所差异，但大致可以参考以下步骤。
1、公司名称验证和确定：需要确定公司的名称，并进行验证，以确保名称的可用性和独特性。
2、提交公司注册材料：准备好所有必要的注册材料，包括公司章程、股东信息、经营范围等，并提交至上海市工商管理部门。
3、获取营业执照：在提交材料并经过审核后，如果符合注册要求，上海市工商管理部门会颁发营业执照。
4、办理外地经营备案：由于公司在上海注册但在外地经营，可能需要到外地工商管理部门进行备案或获取许可，具体流程和要求可能因地区而异。
5、办理税务登记和其他相关许可：公司成立后，需要办理税务登记，并可能需要根据经营的业务类型办理其他相关许可或证书。
具体的流程和材料可能会因地区和政策的变化而有所不同，建议咨询公司注册代理机构或当地的工商管理部门，以获取最准确和最新的信息，由于公司在上海注册但在外地经营，还需要关注两地之间的法律法规差异和税收政策，以确保公司合规经营。
仅供参考，并非专业法律建议，如有需要，请咨询专业律师。